Hai bên đã trao đổi nhiều đoàn quân sự cấp cao, trong đó có chuyến thăm của Bộ trưởng Quốc phòng Việt Nam thăm hữu nghị chính thức Cộng hòa Séc (tháng 5-2000). Tư lệnh các quân, binh chủng cũng thường xuyên thăm viếng lẫn nhau nhằm tăng cường và củng cố hợp tác quốc phòng giữa hai nước.

Từ năm 2006 đến nay, Bộ Quốc phòng Việt Nam đã cử nhiều đoàn chuyên viên đi khảo sát, nghiệm thu vật tư, phụ tùng, tìm kiếm khả năng hợp tác trong các lĩnh vực phòng không-không quân, tăng thiết giáp… Bạn cũng cử nhiều đoàn chuyên viên, chuyên gia sang Việt Nam để bàn giao hàng hóa, lắp đặt thiết bị vật tư kỹ thuật theo hợp đồng thương mại quân sự, cũng như giới thiệu các sản phẩm quân dụng. Sự trao đổi này là biện pháp bảo đảm định hướng thống nhất từ cấp hoạch định chính sách, là cơ sở để thúc đẩy quan hệ quốc phòng hai nước, để tạo dựng sự tin cậy trong hợp tác.

“Điểm sáng” trong quan hệ giữa hai Bộ Quốc phòng Việt Nam và Séc chính là hợp tác trong lĩnh vực đào tạo và kỹ thuật quân sự. Năm 2009, Bộ Quốc phòng hai nước đã ký Thỏa thuận về hợp tác đào tạo quân nhân Việt Nam, tạo cơ sở để quân nhân Việt Nam có cơ hội sang học tập, nghiên cứu tại Séc. Từ năm 2007 đến nay, Bộ Quốc phòng Séc đã cấp 48 suất học bổng ưu đãi đào tạo bậc đại học và sau đại học theo các chuyên ngành mà Séc có thế mạnh như kỹ thuật điện-điện tử… Hiện nay, Học viện Kỹ thuật quân sự đang hợp tác rất hiệu quả với Đại học Quốc phòng Brno (Séc) về nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ trong các lĩnh vực: Công nghệ chế tạo thiết bị điện tử; vô tuyến điện tử chuyên dụng; cũng như hợp tác trao đổi giáo sư, chuyên gia đầu ngành của Séc sang giảng dạy các chuyên đề tại Học viện Kỹ thuật quân sự và cử cán bộ, giáo viên của Học viện Kỹ thuật quân sự sang thực tập tại Séc.

Về hợp tác kỹ thuật quân sự, các doanh nghiệp, xí nghiệp công nghiệp quốc phòng của Séc luôn tạo điều kiện thuận lợi để các cơ quan, đơn vị, doanh nghiệp của Bộ Quốc phòng Việt Nam tiếp xúc và trao đổi trực tiếp để tìm hiểu khả năng và cơ hội hợp tác.

Mối quan hệ hợp tác, hiểu biết và tin cậy lẫn nhau giữa hai Bộ Quốc phòng Việt Nam và Séc đang ngày càng được củng cố và phát triển tích cực, góp phần tăng cường quan hệ hữu nghị song phương, cũng như đóng góp tích cực vào việc tạo dựng môi trường hòa bình, ổn định và phát triển trong khu vực và trên thế giới.